Asi nejznámějším vodním tokem regionu Štětsko je naše největší řeka a tou je Labe. Úrodná polabská krajina s kdysi bohatým rybolovem byla osídlena odpradávna, mnohem dříve než na památný Říp, archeologické nálezy dokládají nepřetržité osídlení zdejší krajiny již od třetího tisíciletí před naším letopočtem. V té době ještě Labe teklo velkým obloukem pod severovýchodními svahy a zdejší pravěká sídliště asi ležela na jeho tehdejším levém břehu (nebo na ostrově?) v říčním meandru. Při některé z četných povodní, snad někdy v 1. tisíciletí, přemístil veletok své koryto a ustálil se v dnešní trase. Po dlouhá staletí bylo Labe zdrojem obživy místních obyvatel a zdejší úrodná krajina se stala zásobárnou obilí celých Čech. Jako dopravní trasa bylo Labe využíváno po dlouhá staletí a to nejen k obchodu, ale i jako zásobovací trasa vojsk, která podél tohoto vodního toku postupovala do nitra Čech. Labe však bylo nejen zdrojem obživy, ale často i příčinou zkázy městečka Štětí. Během historie města byl vodní tok Labe příčinou několika velkých povodní, které městečko zle poničily. Vždyť i první údajná písemná zmínka o Štětí od kronikáře Hájka z Libočan, je v souvislosti s velkou povodní.
V 19. století došlo k rozmachu vodní dopravy a Labe sloužilo jako další dopravní cesta, ale jen sezónní, hlavně na jaře a na podzim, když byla v řece dostatečná výška vody. Po proudu pluly vory a nákladní lodě samotíží, proti proudu je vlekly koňské potahy, později parníky. Tažné koně chodili po cestě na levém břehu. Od roku 1885 plavbu proti proudu usnadňoval řetěz, položený do řeky pro plavbu lodí „po řetězu“. Osobní doprava zahájila provoz r. 1841, kdy zde každý čtvrtý den proplouval parník Bohemia z Prahy k saským hranicím a pak zase zpět. V roce 1909 došlo k regulaci říčního koryta Labe a řeka se tím stala pravidelnou dopravní trasou využívanou celoročně. Možnost výletů po Labi je možné využít i dnes. Na Štětském nábřeží se nachází přístaviště výletních lodí Porta Bohemica, které vozí turisty po celé léto buď do Mělníka nebo na opačnou stranu do Litoměřic.
Labe však není jediným vodním tokem, který se nalézá v regionu Štětsko. Severní částí celého regionu protéká říčka, nebo potok Obrtka, dříve Chablavka. Ve Velkém Hubenově, jen pár metrů od starého a opuštěného vodojemu z roku 1923 se nalézá vodní prameniště velmi proměnlivou vydatností od 0 do cca 60 l/s. Vodou z tohoto prameniště obvykle začíná tok říčky Obrtky. Výše proti proudu je několikakilometrový úsek, který bývá obvykle suchý. Voda z koryta Obrtky se totiž za obcí Tuháň pozvolna ztrácí do podzemí a odtéká severním směrem do vedlejšího údolí, kde se objevuje v radě pramenu v Zakšíně. Podobných "suchých důlů" existuje na kokořínsku celá řada. Prameniště ve Velkém Hubenově je celé silně zanedbané, má dvě větve, z nich jedna teče směrem na Tuháň a Zakšín a dále do říčky Liběchovka a druhá větev protéká přes Velký Hubenov, Snědovice, Radouň, Velešice a Hoštku severně nad Mastířovicemi. Odtud teče severozápadním směrem do Úštěckého potoka, do něhož zaúsťuje zleva jihozápadně od Polep. Tok Obrtky je dlouhý 29,5 km, povodí tvoří 88,7 km2. Na horním toku Obrtky se nalézá pstruhový vodní revír a od obce Střížovice až k pramenům říčky je chovný úsek, ve kterém je lov ryb zakázán.
Tok říčky prochází mnoha malebnými zákoutími a na několika místech vytváří v okolní krajině přírodovědně zajímavé mokřady, např. mezi Střížovicemi a Hubenovem, v Snědovicích a v Radouni. U obce Radouň se tok větví do dvou ramen a následně se zase spojuje. Právě v Radouni se nalézá jeden z přítoků Obrtky. Pramen Vantroky v Radouni byl po krátkou dobu jímán jako vodárenský zdroj. Vodárna je již řadu let odstavena z provozu a voda pramene volně vytéká z výpustní trubky. Po několika desítkách metrů se vlévá do toku říčky Obrtky. Vydatnost pramene je značně proměnlivá a v suchých částech roku (obvykle srpen-září) často i zcela vysychá. Z Radouně pokračuje Obrtka směrem do Čakovic, kde na východní straně obce její tok ústí do velké retenční nádrže (1996-1998). Celková plocha rybníka je 4 ha. Rybník je součástí revitalizačního programu povodí Obrtky. Říčka pak dále pokračuje do Hoštky a dále, do již zmiňovaného, Úštěckého potoka.
Nedílnou součástí krajiny regionu Štětska je i mnoho vodních ploch ve formě vodních nádrží a rybníčků. Ty naleznete v podstatě v každé obci regionu. Mezi ty větší patří právě retenční nádrž v Makovicích nebo vodní nádrže ve Velkém Hubenově a Mošnici. Přírodovědně velmi cenná lokalita z hlediska výskytu zvláště chráněných druhů obojživelníků je velký, rákosem zarostlý rybník nedaleko barokní hájovny v obci Veselí. Tato lokalita plní funkci v oblasti jediného biotopu, vhodného k jejich rozmnožování.
Nelze opomenout veslařský kanál na místě bývalé pískovny v obci Račice na levém Labském břehu, který byl dokončen v roce 1986. Areál je dnes přístupný široké veřejnosti. Prakticky po celý rok je možno si zde zasportovat v nejrůznějších odvětvích, např. v cyklistice, běhu, jízdě na kolečkových bruslích, plavání, rybaření, v zimě bruslení na zamrzlém veslařském kanále atd. Voda v kanále se stala špičkovým revírem Českého rybářského svazu. Jeho členové jej každoročně výrazně zarybňují, takže se stává velmi zajímavým lovištěm.